Ime Zaton prvi put se spominje godine 1322. u dokumentu kojim kralj Karlo I. potvrđuje Šibeniku povlastice (Šibenski diplomatarij, str. 17). "Unutar granice nalazi se otok Sustipanac kod Pirovca, zemlja Oštrica, Ivinj, Pišća, Zaton, Dolac Buzelaze (Dobri dolac), Vodokrat (Vodice i Srima)".
Zaton je tipično dalmatinsko naselje, smješteno u sjeverozapadnom dijelu šibenskog zaljeva, 10 km od Šibenika. Okružen brežuljcima, sazdan od starih i novih kamenih kuća, niknuo je na samom rubu istoimenog zaljeva u kanalu koje bočato Prukljansko jezero povezuje sa Šibenskim zaljevom.
Uvala je okružena brežuljcima Rastovac (133 m), Križeva glava (102 m) i Glavica (147 m). Gospodarska je osnova poljodjeljstvo, ribarstvo i turizam. Prema popisu iz 2001. godine broji 1197 stanovnika. Na regionalnoj je prometnici.
U Zaton se najlakše dolazi morskim putem. More je ovdje mirno i nikad ne iskazuje svoj bijes; ne šiba obalu, ne pjeni se, niti prijeti malim brodicama i kućama koje su u samoj blizini obale. Za razliku od obale i mora na obližnjim otocima, uz zatonske obale teče nekoliko izvora. Slanost pravog mora osjeća se tek kod svjetionika na Jadriji, na razmjerno širokom ulazu u Kanal sv. Ante – ili izlazu, ovisno u kojem smjeru plovite. Kada nakon vijugavog tjesnaca ponegdje strmih, gotovo okomitih obala koje je izdubila pretpotopna Krka pred vama pukne slika Šibenika, do Zatona brod treba usmjeriti lijevo, točno prema vitkom luku šibenskog mosta kojim su kasnih šezdesetih godina spojene strme kanjonske obale, a cesta u nepovrat odnijela živi brodski promet koji je Zaton povezivao sa Šibenikom.
Arheolozi tvrde da su po ovim brežuljcima i uvalama trčali jeleni i divlji konji, pa čak i nosorozi. Pronađeni su njihovi okamenjeni ostaci u pećinama Tradnja i Šarine drage. Pronađeni su tamo i ostaci ljudi, sve tamo od kamenog doba. Neki ljudi, među kojima su bili i Grci, koristili su jednu naseobinu i groblje na brdu Velika Mrdakovica, dva - tri kilometra udaljenog od Zatona. Put do Mrdakovice iz zatonske luke vodi kroz pitomu i plodnu dolinu Drage.
Iskopavanja su vršena na samoj gradini Velika Mrdakovica, gdje su otkriveni ostaci gradinskog naselja i fortifikacijskog sustava. Istraženo je više od stotinu grobova s bogatim prilozima. Nekropolu datiramo u široki vremenski okvir, i to od VI. do I. stoljeća prije Krista.
Arheološka iskopavanja i istraživanja na Velikoj Mrdakovici kod Zatona pod vodstvom kustosa Muzeja grada Šibenika, arheologa Tonija Brajkovića, do sada su otkrila šest rimskih paljevinskih grobova.
Međutim, ono što je pronađeno u posljednjem, šestom grobu, ostavilo je bez daha čak i iskusne arheologe već navikle na vrijedne pronalaske. U velikoj keramičkoj urni, osim zemlje i ostataka kostiju pokojnika pronađeno je i nekoliko odlično sačuvanih keramičkih posuda, jedna lucerna, stakleni balzamarij... Ali ono što plijeni svojom začudnom ljepotom, značajem i jedinstvenošću je besprijekorno sačuvani stakleni riton. Riton je inače jedan od oblika posuđa za piće korišten na raznim svečanostima. Obično su ritoni bili rađeni od metala tako da su stakleni primjerci jako rijetki. Riton sa Velike Mrdakovice je reprezentativan primjerak, koji zasigurno nije proizvod lokalnih majstora, već uvozni komad, posebno naručen za imućnijeg člana ondašnjeg društva koji se tim predmetom za života služio, a zatim zatražio da bude s njim zajedno pokopan, procijenili su arheolozi. Istraživanja na Velikoj Mrdakovici potrajat će još dva tjedna, a s obzirom na važnost dosadašnjih nalaza i pretpostavku da nije istražno cijelo područje za koje arheolozi misle da skrivaju još tajni, možemo se nadati da će lokalitet Velike Mrdakovice biti arheološki živ i naredne godine.